Ein Ganzkeim-Bakterin ist auch der Borreliose-Impfstoff, der gegen die von Zecken übertragenen Borrelien (Bakterien) schützen soll. Er taugt nachweislich so gut wie nichts, weil er allenfalls gegen die in Deutschland am seltensten vorkommende Borrelienart schützt, nicht jedoch gegen die anderen, viel häufigeren Borrelienarten. Dazu kommt, daß nur sehr wenige Hunde, die sich mit Borrelien infizieren, überhaupt daran erkranken. (Berner Sennenhunde scheinen dafür allerdings empfänglich zu sein. Doch auch ihnen nutzt der Impfstoff nichts.) Der Borrelienimpfstoff steht ebenfalls im begründeten Ruf, überdurchschnittlich oft Nebenwirkungen zu verursachen, bis hin zu Anfällen. Borreliose ist, wenn ein Hund wirklich daran erkrankt, gut behandelbar mit bestimmten Antibiotika. Viele Diagnosen sind jedoch falsch – Borreliose wird „hoffnungslos überdiagnostiziert“, wie es in Fachartikeln hieß. (2010 soll ein neuer Impfstoff gegen Borreliose auf den Markt kommen, der anders als der bisherige Impfstoff auf den häufigeren Borrelien-Arten basiert. Auch dieses neue Produkt ist allerdings ein Ganzkeim-Impfstoff und daher nebenwirkungsträchtig.)